Совет создан в 1984 г. как координация вузов – соисполнителей плана НИР Минвуза СССР по направлению “География” (гидрометеорологическая секция) - “Исследования русловых процессов на реках и в устьях рек и разработка методов их учета для различных отраслей народного хозяйства”.

Главной задачей совета является координация научно-исследовательских работ вузов разного профиля (университетов, гидрометеорологических, педагогических, сельскохозяйственных, технических, транспортных и др.) по эрозионным, русловым и устьевым процессам, согласование планов и программ НИР по этой проблеме, оказание методической помощи в постановке исследований, а также в подготовке и переподготовке специалистов, в т.ч. высшей квалификации.

Совет ежегодно проводит пленарные совещания по проблеме, рабочие совещания по конкретным аспектам проблемы (ежегодно), семинары молодых ученых (один раз в 2-3 года), международные семинары в университетах СНГ и зарубежья. К пленарным совещаниям Совета издаются материалы, содержащие тексты докладов и сообщений. Издано шесть выпусков сборника “Эрозионные и русловые процессы” (1990, 1996, 2000, 2005, 2010, 2015 гг.), регулярно публикуются тематические сборники, сборники статей молодых ученых.

Активное вовлечение в деятельность МНКС молодежи с 1994 года, когда раз в два года стали проводиться регулярные семинары молодых ученых вузов. Первый такой семинар состоялся в Пскове. На молодежных семинарах выступали с докладами десятки начинающих ученых, получивших возможность не только представить результаты исследований и познакомиться с работами коллег из других городов и вузов, но и получить рекомендации от более опытных специалистов. Семинар играет важную роль в обмене опытом научных исследований молодых специалистов, обсуждении новейших результатов исследований в области эрозионных и русловых процессов, налаживании творческих и деловых контактов, привлечении молодых ученых к научной и деятельности.

В 2003 г. для упорядочения организационной работы с молодежью была создана молодежная секция МНКС по проблеме эрозионных, русловых и устьевых процессов при МГУ им. М.В. Ломоносова, которой руководили А.С. Завадский (2003–2010 гг.), С.Р. Чалов (2010–2022 гг.), П.П. Головлев (2022–2023 гг.), а с 2024 г. – Ж.А. Буряк. С 2024 года семинар проводится в форме всероссийской конференции с международным участием.

За прошедшие годы в рамках работы секции проведено 14 мероприятий, в каждом из которых приняли участие молодые ученые из 20–25 вузов России, Беларуси, Украины, Польши и Казахстана. Результаты их исследований опубликованы в 8 сборниках статей.